Desde su creación, la librería pasó por diferentes ubicaciones (calle San Bernardo, Calle Caballero de Gracia). En agosto de 1972 se inauguró la nueva sede de la Librería, proyecto liderado entonces por Irma Fliedner, nieta de Federico. El nuevo local se encontraba en la calle Calatrava, lo que dio lugar al nuevo nombre de la librería como Librería Calatrava. Desde entonces y hasta 2018, la actividad de la misma se centró en la venta de literatura evangélica, libros escolares (en su última etapa) y material de papelería, y desde 2011 lo hizo ya en la última de sus ubicaciones junto al colegio El Porvenir.
Después de más de 140 años de actividad y de un incesante y precioso servicio a la comunidad evangélica, en 2018, y en gran medida debido a la crisis del sector de las librerías y editorial, la Librería Calatrava cerró definitivamente sus puertas y con ello, una importante seña de identidad de la Fundación Federico Fliedner.
En la actualidad los colegios continúan con la labor de distribución de libros escolares a sus alumnos, y desde la Fundación se atiende peticiones de literatura evangélica de antiguos clientes de la librería hasta que se agote el stock tras el cierre de la misma.