El aparato inquisitorial prestó especial atención a los grupos de alumbrados, primero, y después a los grupos erasmistas y protestantes . Las bulas pontificias, decretos reales e índices de libros prohibidos fueron herramientas de represión de los grupos no alineados con la ortodoxia católica. Los autos de fe de Valladolid (1559) y Sevilla (1560) marcaron la pauta de esta primera etapa de la represión ‘antiluterana’ que se extiende hasta principios del siglo XVII.
Edición de la bula Exsurge Domine publicada por el papa León X el 15 de junio de 1520 exigiendo la retratación de 41 errores sobre el papado y la doctrina cristiana atribuidos a Martín Lutero en las 95 tesis y otros discursos. Al no llevarse a efecto esta exigencia, dictaría la bula de excomunión Decet Romanum Pontificem (3 de enero de 1521). Ejemplar editado con la primera crítica formal a las ideas reformistas de Lutero, obra del teólogo pontificio Silvestro Mazzolini da Prierio (27 de marzo de 1520).
Esta bula de indulgencias plenarias fue concedida por el papa Clemente VII a instancias del emperador Carlos V en favor del franciscano fray Pedro de Montemolín en agradecimiento por el satisfactorio servicio que le había hecho aquietando a sus compañeros durante la revuelta de los Comuneros en 1520. También consiguió para él su promoción al obispado de Coria en 1527.
Esta colección de opúsculos raros de humanistas compilada por el ilustrado y académico de la Historia Francisco Cerdá y Rico (1739-1800) incluye el Tratado de las ocho questiones del Templo propuestas por el... Duque del Infantadgo i respondidas por el doctor Vergara canonigo de Toledo, Segunda impression, 1548. El erasmista Juan de Vergara (1492-1557), catedrático de Filosofía en la Universidad de Alcalá, fue acusado de alumbrado por la Inquisición de Toledo al declarar la falsificación del Pseudo-Beroso por Annio de Viterbo, y estuvo preso entre 1533 y 1547.
El primer índice promulgado a petición del Concilio de Trento se publicó en Roma en 1551, pero hubo otros previos decretados por Enrique VIII en Inglaterra en 1529, por La Sorbona de París en 1542 y por la Universidad de Lovaina en 1546, adoptado en España en 1551 añadiendo obras impresas en castellano. El Índice español editado por el cardenal Bernardo de Sandoval y Rojas en 1612 es uno de los más detallados y reúne en un solo volumen en folio y con una cuidada edición las reglas de aplicación, la relación de autores y obras prohibidas, y los fragmentos que deben expurgarse en las obras permitidas.
En 1611 Gaspar de Zamora firma este relato del auto de fe celebrado en la plaza de San Francisco de Sevilla el 24 de septiembre de 1559 contra 21condenados por luteranismo. Ese año no se predicó la bula de cruzada, pero el texto figura redactado en dos pliegos pegados de dos bulas de fecha próxima al manuscrito. Contiene además información sobre las cárceles sevillanas, la predicación de luteranos y jesuitas, algunos sucesos y datos de precios y salarios.
El matemático y teólogo Pedro Ciruelo (1470-1548), formado en las universidades de Salamanca y París, asumió la docencia de la Teología en la nueva Universidad de Alcalá. En 1527 participó en la junta de teólogos que juzgaba la ortodoxia de las obras de Erasmo de Rotterdam y que favoreció su reprobación. Fue preceptor de Felipe II. Este ejemplar de la doctrina analítica en la Lógica de Aristóteles perteneció al doctor Agustín de Cazalla, ajusticiado en el auto de fe de Valladolid de 20 de mayo de 1559 y lleva su firma manuscrita.
El jerónimo observante Cipriano de Valera (1531/32-1602), destacado miembro de los círculos luteranos de Sevilla, huyó en 1558 de la persecución inquisitorial hacia Ginebra, donde conoció a Calvino y se convirtió en su discípulo. Se instaló en Inglaterra al año siguiente e impartió docencia en las Universidades de Cambridge y Oxford. Es autor de esta primera traducción al castellano de la obra de Calvino.
El reverendo evangélico Emilio Martínez (1849-1919) narra, de forma novelada, la historia de las primeras víctimas protestantes de la Inquisición. Su protagonista, JuIián Hernández ‘Julianillo’, trajo a España las Sagradas Escrituras traducidas al castellano, así como otros libros e ideas de la Reforma en la Europa del siglo XVI. Su primera edición se publicó en Chile (1897), pero en 1909 el autor cedió a la Sociedad de Tratados y Publicaciones Religiosas de Londres los derechos para la edición de su obra en español. Esta es la versión realizada por su delegación en Madrid.
El humanista Juan de Valdés (1509-1541), radicado en Nápoles, redactó este diálogo hacia 1535, que permaneció manuscrito hasta que Gregorio Mayans y Síscar lo publicara en 1737 como apéndice a sus Orígenes de la lengua española. Defiende el estudio de los textos en sus lenguas originales y dignifica el castellano entre las lenguas romances. Contiene reflexiones sobre fonética, gramática, léxico y estilo. Las ediciones de Luis Usoz y Río (1860), José Moreno Villa (1919), José Fernández Montesinos (1928) y Rafael Lapesa (1940) contribuyeron a su recuperación y difusión.
Narra la vida y espiritualidad de un personaje de ficción llamado Cipriano Salcedo que transcurre en la ciudad de Valladolid entre 1517, año de inicio de la Reforma luterana en Wittenberg, y los autos de fe de 1559 que acabaron con los círculos alumbrados castellanos. Se inspira en el proceso y condena del doctor Agustín de Cazalla (1510-1559), capellán del emperador Carlos V hasta 1552.
Gracias a sus estudios en Lovaina y en Wittenberg junto a Melanchthon, Francisco de Enzinas (1518/20-1552) fue traductor del Nuevo Testamento del griego original al castellano (Amberes 1543). En Basilea publicó este informe sobre el asesinato en Neoburgo de su amigo el hebraísta Juan Díaz, empleando como pseudónimo el nombre de Claude Senarclens. Incluye un grabado con el retrato de Juan Díaz. Este ejemplar procede del Instituto Internacional de Madrid.